El colegio se creó el 24 de mayo de 1979, su nombre inicial fue INSTITUCIÓN EDUCATIVA DISTRITAL CASTILLA, como Unidad Básica DE 6° A 9° y no se le dio el nombre de escuela por estar ubicado y atender la población de un barrio de estrato 4. Inicialmente las aulas eran casetas prefabricadas y el colegio se ubicaba en el costado occidental de Carulla (actual Éxito) del barrio Castillas, en el sitio donde hoy funciona otro colegio (Castilla I.D.E).

Mediante el acuerdo 014 de mayo de 1979, emitido por la junta administradora del Fondo Educativo Regional de Bogotá (FER), el colegio legalizó su funcionamiento, luego del acuerdo 029 de Julio 6 de 1979, le dio el nombre de Instituto Distrital Castilla “Unidad Básica”, lo anterior fue notificado a la Rectora Cecilia Vargas de Verdugo, mediante carta firmada por Néstor Forero, Subsecretario de Educación el 6 de marzo de 1981 las instalaciones estaban ubicadas en la calle 7c N° 78F – 20, donde se iniciaron labores en febrero de 1989 , con doce cursos en cada una de las jornadas.

La resolución 0712 del 4 de febrero de 1982 aprueba los estudios de Instituto Distrital Castilla “Unidad Básica” y en diciembre 12 de 1983 se autoriza la apertura del grado 10°, que empieza a funcionar en 1984 bajo la Rectoría de Licenciado Carlos Caro López. El grado 11° fue autorizado con la resolución 4798 del 18 de diciembre de 1989.

El colegio, atendió disposiciones del MEN, inicia el proceso de integración con otras instituciones educativas y la resolución 1644 de 24 de mayo 2002, integra a éste la escuela “San José Occidental”, como sede B y la resolución 2434 del 20 de agosto del 2002, integra las escuelas “Visión de Colombia”, sede C y “El Tintal” como sede D. El 15 de mayo de 2003 asigna un nuevo código DANE N° 111001102083, que también define el nombre de Institución Educativa “San José de Castilla”, mediante la resolución en el año 2008, la sede “El Tintal”, pasó hacer parte del colegio Gustavo Rojas Pinilla. La resolución 4702 del 25 de octubre de 2004 expedida por la Secretaría de Educación Distrital determinó que las Instituciones Educativas Distritales y los Centros Educativos Distritales, se denominarán genéricamente con la palabra colegios, se conservan las expresiones Instituciones Educativas, quedando el nombre: “Colegio San José de Castilla-Institución Educativa”.

En la unificación de instituciones el colegio asume el programa de integración escolar que se desarrollaba en las sedes A, B y C para darle continuidad en la educación media, lo que posibilitó que los estudiantes que presentaban alguna discapacidad o talento excepcional accedieran al aula regular sin ninguna restricción con apoyo especializado para facilitar su desempeño escolar.

El nombre del PEI y énfasis se dio durante la Rectoría de María Cristina Cerdeño; la propuesta para la Educación Media Especializada y la acogida de la educación por ciclos se iniciarán durante la Rectoría de Miguel Bejarano, además, en ella misma administración, se hace la entrega de la sede D, la creación del jardín (que sólo funcionó un año por falta de infraestructura) y la emergencia educativa en el 2007 con la sede C. La emergencia de la sede A, inicia en el año 2008 por daño en su estructura, la cual continuó hasta el año 2013, teniendo que utilizar dos sedes para bachillerato, una contigua a Lafayette (San José Occidental – Sede B) y la otra un edificio en Castilla (Sede A). En el año 2014, se da inicio al programa Primera Infancia, el cual es ubicado en la Sede B (San José Occidental).

Durante este tiempo, han continuado con el fortalecimiento del énfasis del inglés como proyecto bandera en la institución, desde el Desarrollo Integral de la Educación Media “DIEM” (nombre dado en la última administración – SED) en el cual se ha incentivado el uso de la segunda lengua, realizando convenios con universidades para apoyos pedagógicos en Primaria y la intensificación de horas de inglés dentro de los planes de estudio en Básica Secundaria y Media. En lo último cinco años la institución ha sido destacada entre los cinco primeros colegios de Distrito con mejores desempeños en las Pruebas SABER 11 en inglés.

A inicios del año 2014 se recibe la Sede A, la cual consta de tres bloques, cada uno de tres pisos con modernas salas de cómputo y centro regulador de idiomas, laboratorio de biología, química y física, aulas de artes plásticas y gráficas, danza y música, aula múltiple, biblioteca, internet e innumerables herramientas físicas que permiten potencializar todas las habilidades y competencias de nuestros estudiantes y docentes.

Desde su fundación han sido Rectores: FRANCISCO JIMÉNEZ, FANNY HILARION (primera rectora que asumió las dos jornadas), HEIDA VARGAS DE FORERO, CARLOS CARO LOPEZ, MARÍA CRISTINA CERDEÑO, MERY CONSUELO LUENGAS PANADERO, MIGUEL DARIO BEJARANO GOMEZ, GILMA AGUEDA GARCIA y actualmente, OMAR ALFREDO RODRIGUEZ ESTUPIÑAN.